Il trattamento clinico, psicoanalitica individuale o di gruppo, si ispira alle più attuali convergenze fra il modello psicoanalitico relazionale e apparati delle neuroscienze.
La psicoterapia associata, qualora ce ne fosse necessità, al trattamento psicofarmacologico rappresenta un prezioso strumento di intervento clinico ed ha la finalità di determinare, così come è documentato dagli studi di neuroscienze, dei veri e propri cambiamenti strutturali nei circuiti delle memorie, determinando quindi la modifica dei precedenti assetti patologici. Negli ultimi anni si è assistito ad un maggior sviluppo nel dialogo tra Neuroscienze e Psicoanalisi, che ha evidenziato lo stretto legame di influenza reciproca esistente tra le due discipline. Tale accresciuto interesse può essere spiegato dal grande progresso compiutodalle Neuroscienze, che ha permesso agli studiosi di questa disciplina di promuovere la ricerca sulle funzioni della mente più elevate e complesse - da sempre oggetto dell'indagine psicoanalitica - e dall' affermazione del modello relazionale nell'ambito della psicoanalisi contemporanea, che ha dato vita a una concezione della mente come diadica e interattiva

"Cosa fa di noi quello che siamo?" questo è l’interrogativo che LeDoux pone all'inizio del suo libro Il Sé sinaptico..
La mente, proprietà emergente dal cervello del soggetto, si sviluppa a partire dall'interazione tra processi neurobiologici e relazioni interpersonali (Siegel, 1999). I rapporti con gli altri, e in particolare con le figure di accudimento, svolgono un ruolo di fondamentale importanza per il bambino in quanto favoriscono o inibiscono l'organizzazione di circuiti neurali A tal proposito Eric Kandel – premio Nobel per la medicina per le sue scoperte sulle memorie- ha affermato che la relazione mente/cervello dovrebbe essere pensata facendo riferimento a cinque principi fondamentali:
1.   Tutti i processi mentali derivano da operazioni del cervello;
2.   I geni e le loro possibili combinazioni sono determinanti importanti dello sviluppo e del funzionamento dei neuroni e delle loro interconnessioni;
3.   Il comportamento può modificare l'espressione dei geni;
4.   Le modificazioni dell'espressione genica possono portare a modificazioni delle connessioni neurali;
5.   Se gli interventi terapeutici non biologici determinano modificazioni del comportamento è verosimile che lo facciano attraverso la modificazione dell'espressione genica e dell'efficacia delle connessioni tra i neuroni. 

Infatti sono proprio gli studi di epigenetica che risultano fondamentali per il superamento della dicotomia mente/cervello che, sia nell'ambito della psicologia clinica che della psichiatria biologica, ha prodotto un erroneo fronteggiarsi di opposte teorie rispetto alla genesi dei disturbi mentali. I circuiti cerebrali si sviluppano con modalità che sono direttamente legate alla loro attivazione. Le nostre esperienze possono quindi influenzare in maniera significativa le connessioni neuronali e l'organizzazione delle attività del nostro cervello, in questo senso svolgono un ruolo particolarmente importante quelle che si verificano durante i primi anni di vita. Traumi subiti in età precoce, per esempio, possono avere profondi effetti sullo sviluppo delle strutture cerebrali che sono responsabili dei meccanismi di regolazione di base e sulle successive capacità di risposta allo stress, e per questa ragione nei bambini sottoposti a maltrattamenti i livelli ematici degli ormoni che mediano tali risposte sono spesso più elevati del normale. Tuttavia, anche se in maniera meno drammatica, tutte le nostre esperienze quotidiane possono contribuire a plasmare le strutture del nostro cervello, provocando l'attivazione di determinati circuiti,
consolidando collegamenti preesistenti e inducendo la creazione di nuove sinapsi. Al contrario, l'assenza di esperienze può portare a fenomeni di morte cellulare, in base a quello che è stato definito come un processo di "potatura" (pruning), che favorisce l'eliminazione degli elementi che non vengono utilizzati: lo sviluppo del cervello è quindi un processo "esperienza-dipendente"

Quindi si può considerare il disturbo mentale come il prodotto di gravi e prolungate alterazioni di un costante e caloroso rapporto di affettivizzazione e accudimento che, sin dai primissimi momenti di inizio della vita biologica, deve caratterizzare il rapporto del bambino con i suoi genitori. L’infant research ha messo in evidenza l’estrema importanza di come buone modalità di attaccamento madre-bambino, siano il requisito fondamentale, sia nel favorire la maturazione delle strutture cerebrali, sia nell’evitare che traumatiche esperienze di sofferenza precoce, attraverso l’attivazione dell’asse dello stress, portino a danni strutturali, che saranno in seguito causa di differenti disturbi mentali .Le esperienze precoci si depositano quindi nei circuiti cerebrali come contenuti di memoria, sia esplicita che implicita, andando a costituire le tracce di un “apprendimento” che si strutturerà come caratteristica stabile di personalità, sia sana che patologica, a seconda della qualità delle esperienze vissute.

La psicoterapia è quindi essenzialmente un nuovo processo di apprendimento e in quanto tale un modo di cambiare l'assetto delle connessioni cerebrali precedenti. In questo senso, la psicoterapia sostanzialmente, attraverso la specificità delle sue tecniche, determina la produzione di nuove memorie, quindi si avvale di meccanismi biologici, per curare la malattia mentale.